聖武天皇の勅願により、行基菩薩が厄除けのために薬師如来を刻み本尊として開基し、大日山密厳寺と号し女人禁制とした。

創建後百年を経て大師が訪ねてきた母のため、七日の秘法を修し女人解禁の祈念を成就。母君は剃髪してその髪を納め、大師は寺号を母養山恩山寺と改めた。その後、弘仁五年（八一四）大師四十一歳の時、自らの像を刻み大師堂に本尊として安置。

納経所で授与している「摺袈裟」は、所持すれば、陀羅尼の功徳によりいかなる病気も治癒するという。