その後、弘仁十二年（八二一）満濃池築造の別当に任ぜらた大師は、その賞の一部で堂塔を建立し、薬師如来を本尊として安置し、医王山と号した。毘沙門天出現の地であり、山の勢望が申胄に等しく多宝院、甲山寺と称した。

大師堂は本堂の左手にある石段を登ったところに建ち、近くには鐘楼や毘沙門天・吉祥天らを安置している岩窟もある。

弘法大師御誕生の地に建つ善通寺は真言宗善通寺派の総本山であり、京都東寺、紀州高野山とならぶ弘法大師の三大霊跡のひとつとして人々の篤い信仰を集める。

御影堂（大師堂）の地下では戒壇廻りができる。

延長六年、醍醐天皇の勅命により金倉の郷にあることで、金倉の名をとり金倉寺と改め、山号は鶏足山とした。大師堂には讃岐の五大師に数えられる、智証大師像と弘法大師像を安置している。明治三十一年から三年間、乃木希典将軍が善通寺第十一師団長を努めた頃、金倉寺の客殿を仮住居とした。

納経所の近くには有名な「妻返しの松」もある。

寺宝に智証大師が刻んだ五大尊、弘法大師自筆の五大尊画像があり、星曼茶羅図は国の重要文化財。

参道沿いから整然と並んだ観音像。四国八十八カ所、西国三十三カ所など、全国の霊場ゆかりの観音像255体が祀られている。

その後、一遍上人が全国遊行の折に逗留され浄士の教えを広める。寛文四年（一六六四）高松藩主・松平頼重が再興し、宗派を時宗に改め寺名も郷照寺とした。

本堂は二層の屋根が特徴的で、東大寺など奈良の寺院によく見られる奈良様式の造り。本尊の阿弥陀如来は鎌倉時代の作。

長寛二年（一一六四）八月四十六歳で崩御された崇徳天皇の霊を祀るため、二条天皇は崇徳天皇社を建立。後に天皇ゆかりの寺ということで寺号を天皇寺と改号。「高照院さん」とも呼ばれる山里の寺。

鳥居のある門を入ると参道正面に、崇徳上皇の御霊を慰めるために建立された白峰宮がある。

本尊には「弘治三丁六月二十八日四国中辺路同行二人」と落書きがあり、室町時代に遍路が行なわれていたことがうかがえる。入母屋造りの本堂は、鎌倉中期の建築で重要文化財。

大師堂のお参りは、納経所と線香やみやげものなどの売場から拝む。

人々を種々の災難から救う「身代わり観音様」として信仰されている。

崇徳上皇崩御の三年後、西行法師が御廟前に詣で、上皇の御霊と歌を詠み交わしたという伝説があり、上田秋成「雨月物語」にも語られている。

表参道には源頼朝が建てた２基の石塔、十三重塔もある。

本堂へは観音様の並ぶ回廊式前堂「万体観音堂」を歩いていく。堂内には信者が寄進した３万体余りの観音像が祀られている。

クスノキの根もとにある、薬師如来の小さな祠は、ゴーッという地獄の釜の音が聞こえ、心がけの悪い人が頭を入れると、石の扉が閉まり頭が抜けなくなるという言い伝えがある。

このお寺には、近所に住むいじわるおばあさん、おタネおばあさんが頭を突っ込んで抜けなくなったと言われる祠があり、薬師如来縁起として語り継がれています。

境内にはアニメ「平成狸合戦ぽんぽこ」にも登場した、日本三大タヌキの１つ「太三郎狸」をまつる蓑山大明神がある。

商売繁盛と縁結びに霊験がある歓喜天霊場として知られている。歓喜天信仰は弘法大師が唐より持ち帰ったと言われ、福徳自在、商売繁盛、夫婦和合のご利益を求め、多くの参拝者が集まる。

次男の房前が持統天皇七年（六九三）に行基菩薩とともに堂宇を拡張し、僧侶の学問所や信者の修行の場とした。菅原道真筆「仁王経二巻」など寺宝も多い。

本堂は仁王門とともに讃岐藩主・松平頼重が寛文十年（一六七一）に寄進したもので、本尊とともに重要文化財に指定。

大同年間（八〇六～八一〇）弘法大師が入唐にあたり訪れ、年頭七夜の護摩祈祷を行った。帰朝後、大師は入唐の大願成就を感謝し、大日経一字一石の供養塔を建立した。源義経の側室、静御前が得度した寺で、境内には剃髪した髪を埋めた五輪五塔の塚も残っている。

草蛙がかかる山門の正面には、高松藩主松平頼重が建立した葵の紋入りの丸瓦を付した本堂が建っている。

大師堂地下には八十八カ所の本尊が祀られ、お砂踏みができる。本尊はホラ貝を持った珍しい姿の薬師如来で、このホラ貝ですべての厄難諸病を吹き払うという。

奥の院の岩窟には、「大師の加持水」と呼ばれる湧水がある。